Originalmente existió otra construcción que servía como terminal de la compañía Ferrocarril Córdoba a Rosario, que puso los primeros rieles en 1888.
La línea iba hacia el norte, a la ciudad de Rafaela, y luego a Córdoba. Al comenzar el siglo XX la compañía se unió con otras para formar el Ferrocarril Central Córdoba.
La primitiva estación construída en 1891, con clara influencia inglesa, sufrió un incendio en 1921 que destruyó el bloque central. La reconstrucción finalizó en 1926, con la construcción de una cúpula recubierta de tejas de zinc, debajo de la cual se ubicó un importante reloj.
En 1948 se nacionalizó la red de ferrocarriles reconfigurando las líneas por lo cual todas las vías de trocha angosta (de un metro), pasaron al Ferrocarril General Belgrano. En 1952 se descontinuaron los servicios de pasajeros que salían desde esta estación y hoy es sede de la Asociación Rosarina Amigos del Riel.